蘑菇(Mushrooms)能生长在黑暗的洞穴和遮荫区域。在沼泽和蘑菇生物群系和下界由于其低光照条件下更容易找到。红色蘑菇一般比棕色蘑菇罕见。 蘑菇不用专门的工具收集(只要击打便可)，玩家可以把它种在光线低于13的水平地面(特例：菌丝上种植蘑菇除外，在上面的蘑菇就算直接暴露在太阳底下也没事。在很罕见的情况下可以看到蘑菇在下界的萤石上生长)在种植的蘑菇上使用骨粉将让它长成巨型蘑菇。蘑菇会在光线大于12的情况下弹出，被水流过后或让活塞推动也会使蘑菇弹出。 当玩家打破每个巨型蘑菇方块时都会有机率掉落小蘑菇，巨型蘑菇方块不会被火点燃或是受岩浆的影响。 哞菇是一种可以作为红蘑菇(在它身上使用剪刀来获得)和蘑菇煲(玩家可通过拿着碗去“挤奶”来获得)来源的特殊生物。